Coeur de cristal, Editions Robert Laffont, octobre 2014. Pocket Collector, janvier 2016.
L’Âme du monde, Editions Nil, mai 2012. Version illustrée par Alexis Charbert, Editions Nil, octobre 2013. Pocket, août 2014. Pocket Collector, octobre 2015.
Le Secret, Albin Michel, 2001. Le Livre de Poche, 2003.
L’Elu. Le fabuleux destin de George W. Bush. Sa vie, son oeuvre, ce qu’il laisse au monde..., scénario de F. Lenoir, dessin par Alexis Chabert (couleurs : Sido), L’Echo des Savanes, juin 2008.
La Prophétie des deux Mondes, scénario de F. Lenoir, dessin & couleur par Alexis Chabert. Tome 1 : « L’Etoile d’Ishâ », Albin Michel, 2003. Tome 2 : « Le Pays sans retour », Albin Michel, 2004. Tome 3 : « Solâna », Albin Michel, 2005. Tome 4 : « La Nuit du Serment », Vent des Savanes, avril 2008.
Les Métamorphoses de Dieu, Plon, 2003. Prix européen des écrivains de langue française 2004. Hachette littérature, 2005. Hachette collection Pluriel, 2010.
Sectes, mensonges et idéaux, avec Nathalie Luca, Bayard, 1998.
Mère Teresa, avec Estelle Saint-Martin, Plon, 1993. Pocket 1995.
Livres d’entretiens
Oser l’émerveillement, livre d’entretiens issus l’émission Les Racines du Ciel, diffusée sur France Culture de Frédéric Lenoir et Leili Anvar, Albin Michel, novembre 2016.
Voix d’espérances, livre d’entretiens issus l’émission Les Racines du Ciel, diffusée sur France Culture de Frédéric Lenoir et Leili Anvar, Albin Michel, mars 2016.
Sagesses pour notre temps, livre d’entretiens issus l’émission Les Racines du Ciel, diffusée sur France Culture de Frédéric Lenoir et Leili Anvar, Albin Michel, mars 2016.
Dieu, livre d’entretiens de Frédéric Lenoir avec Marie Drücker, Robert Laffont, octobre 2011. Pocket, janvier 2013.
L’Alliance oubliée. La Bible revisitée, avec Annick de Souzenelle, Albin Michel, 2005.
Mal de Terre, avec Hubert Reeves, Seuil, «Science ouverte», 2003. Points Sciences, 2005.
Le Moine et le Lama. Entretiens avec Dom Robert Le Gall et Lama Jigmé Rinpoché, Fayard, 2001. Le Livre de Poche, 2003.
Sommes-nous seuls dans l’univers ? Entretiens avec Jean Heidmann, Alfred Vidal-Madjar, Nicolas Prantzos et Hubert Reeves, réalisés avec Catherine David et Jean-Philippe de Tonnac, Fayard, 2000. Le Livre de Poche, 2002.
Fraternité, avec l’abbé Pierre, Fayard 1999.
Entretiens sur la fin des temps, avec Jean-Claude Carrière, Jean Delumeau, Umberto Eco et Stephen Jay Gould, réalisés avec Catherine David et Jean-Philippe de Tonnac, Fayard, 1998. Pocket, 1999.
Mémoire d’un croyant, avec l’abbé Pierre, Fayard, 1997. Le Livre de Poche, 1999.
Toute personne est une histoire sacrée, avec Jean Vanier, Plon, 1995.
Les Trois Sagesses, entretiens avec Marie-Dominique Philippe, Fayard, 1994. «Aletheia», 1994.